污染是細胞培養技術中面臨的主要問題，某些污染的發生往往難以察覺及檢測，而且污染源能長期共存于培養體系中。

常見污染情況有：

 1.細菌：細菌在普通倒置顯微鏡下為黑色細沙狀，根據感染細菌的不同，可有不同的外形，培養液一般會渾濁變黃，對細胞生長影響明顯。

仔細檢查一下器皿的滅菌情況，是否在高壓滅菌時放氣時間足夠，壓力是否足夠，尤其是和儲存培養液接觸的移液管等物品，連續兩次污染的話有可能造成儲存液污染，使用前檢查一下培養液是否存在渾濁的現象。 

可在培養液中加相應的抗生素處理 

 2.霉菌：培養液是清亮的，倒置顯微鏡下無雜質，37度孵箱培養2-3天，仍清亮，但出現絮狀雜質，鏡下可見呈細絲狀的團狀漂浮物，可看到明顯的菌絲， 細胞仍可生長，但時間長之后，細胞的活力狀態變差，用硫酸銅溶液擦拭二氧化碳孵箱內，再把水盤里也加上飽和量的硫酸銅。或者在培養箱的托盤加入飽和的消毒磷酸氫二鈉高鹽液體,可以防止霉菌污染。 

        二氧化碳培養箱被霉菌污染后，可把所有細胞暫時轉移，采用過氧乙酸擦洗孵箱（包括隔板，箱壁）。并把過氧乙酸放置在孵箱內一個小時，使其蒸汽彌漫。待過氧乙酸的氣味消散后，再移入細胞。孵箱應定期清潔（2月左右），尤其在多雨的季節。

3.支原體：黑色的，多為多形，培養液一般培養液一般會渾濁，原體感染，而支原體是牛血清中常見的微生物之一。而且它不能用過濾的辦法除去。支原體感染細胞以后，細胞病變不很明顯，只是慢慢去除。可以使用支原體去除試劑或抗生素去除。

4.黑膠蟲：可以穿透濾膜，也可以通過空氣傳播，低倍下為黑色點狀，高倍下可看見黑色的小蟲游來游去，培養液也是不渾的，一般不會太影響，細胞還是可以用的。 常常是細胞生長狀態良好，且觀測到的運動物無明顯增多，且培養液顏色、透明度無明顯變化，可在同一批號的血清養的細胞中發現類似現象。對細胞生長狀態不會 有明顯影響，在細胞增殖旺盛之后會自然消失，除更換血清外無須特殊處理。建議如果細胞有可能是此種污染的話，可以增加細胞的種板密度，以提高細胞的生存率。

5.真菌：一般培養液清亮，不變色，鏡下有絲狀物，有些真菌開始很像死細胞碎片，只是它很多很多的小塊很清楚，象珊瑚狀，不象細胞碎 片分不清，慢慢的會長出很細的黑色絲狀物。真菌生長的比較慢，不象細菌那么容易被發現，但是一旦發現有它的存在細胞就被污染了，也很難救活了。

6.原蟲：培養液可輕微渾濁，顯微鏡下那些細小的點狀物數量非常多，輕微活動，細胞雖然可以生長但繁殖速度卻明顯減慢，而且細胞狀態不好，邊緣不清楚，細胞不 透亮。他們與細胞可共生但會與細胞爭奪營養。這種共生是非常普遍的，但他們的數量小，細胞站優勢所以不會影響到細胞的正常生長，只有當他們到達一定的數量 時就會影響到細胞的生長，終形成惡性循環。

注意的小細節

1. 實驗進行前，無菌室及無菌操作臺(laminar flow) 以紫外燈照射30-60分鐘滅菌，以75%乙醇擦拭無菌操作抬面，并開啟無菌操作臺風扇運轉10分鐘后，才開始實驗操作。每次操作只處理一株細胞株，且即使培養基相同亦不共享培養基，以避免失誤混淆或細胞間污染。實驗完畢后，將實驗物品帶出工作臺，以75 %乙醇擦拭無菌操作抬面。操作間隔應讓無菌操作臺運轉10分鐘以上后，再進行下一個細胞株之操作。 

2. 無菌操作工作區域應保持清潔及寬敞，必要物品，例如試管架、吸管吸取器或吸管盒等可以暫時放置，其它實驗用品用完即應移出，以利于氣流之流通。實驗用品以75%乙醇擦拭后才帶入無菌操作臺內。實驗操作應在抬面之中央無菌區域，勿在邊緣之非無菌區域操作。 

3. 小心取用無菌之實驗物品，避免造成污染。勿碰觸吸管尖頭部或是容器瓶口，亦不要在打開之容器正上方操作實驗。容器打開后，以手夾住瓶蓋并握住瓶身，傾斜約45° 角取用，盡量勿將瓶蓋蓋口朝上放置桌面。 

4. 工作人員應注意自身之安全，須穿戴實驗衣及手套后才進行實驗。對于來自人類或是病毒感染之細胞株應特別小心操作，并選擇適當等級之無菌操作臺(至少Class II)。操作過程中，應避免引起氣溶膠產生，小心毒性藥品，例如DMSO 及TPA 等，并避免尖銳針頭的傷害等。 

5. 定期檢測下列項目：  二氧化碳鋼瓶內二氧化碳壓力； 二氧化碳培養箱的二氧化碳濃度、溫度、及水盤是否有污染（水盤的水用無菌水，每周更換）；無菌操作臺內之氣流壓力，定期更換紫外線燈管及HEPA 過濾膜，預濾網(300小時/預濾網，3000 小時/HEPA)。