細菌在合成代謝過程中,除合成菌體自身成分外,還能合成一些其他的代謝產物，其中有些在醫學上有重要意義。

　　1.熱原質(pyrogen)—些革蘭氏陰性細菌(如傷寒沙門菌)及少數革蘭氏陽性細菌(如枯草芽孢桿菌)在代謝過程中能合成一種多糖，注人人體或動物體內能引起發熱反應，故名熱原質。革蘭氏陰性菌的熱原質就是細菌細胞壁中的脂多糖。熱原質耐高溫，高壓蒸汽滅菌(121%：20min)亦不被破壞。注射液、生物制品、抗生素等不能含有熱原質，因此，制備注射藥劑時應嚴格無菌操作，防止生產過程中被細菌污染。用吸附劑和特制石棉濾板，可除去液體中的大部分熱原質，玻璃器皿表面上的熱原質則須經250X髙溫干烤才能破壞。

　　2.毒素(toxin)是細菌在生長繁殖中產生和釋放的毒性成

　　分，可直接或間接損傷宿主細胞、組織和器官，干擾其生理功能。細菌產生的毒素有內毒素和外毒素兩種，均有強烈毒性，尤以外毒素為甚(exotoxin)內毒素(endotoxin)是革蘭氏陰性菌的細胞壁成分，即脂多糖，其毒性存在于脂類A部分,當菌體死亡崩解后才游離出來。外毒素是蛋白質,在細菌生活過程中即可釋放出菌體外。產生外毒素的細菌大多數是革蘭氏陽性菌，但少數革蘭氏陰性菌也能產生外毒素。

　　3.侵襲性酶某些細菌在生長繁殖中還能產生具有侵襲性的酶，能損傷機體的組織，如產氣莢膜梭菌的卵磷脂酶、鏈球菌的透明質酸酶等。毒素與侵襲性酶在細菌致病作用中甚為重要。

　　4.色素(pigment)有些微生物(細菌、放線菌和真菌)在培養過程中能夠合成一些帶有不同顏色的代謝產物稱為色素。色素有的是水溶性的，可以分泌到細胞外，人工培養時能彌散至培養基中，使菌落周圍或背面的培養基呈現不同的顏色(如銅綠假單胞菌色素);有的色素則是脂色素，不溶于水，僅在細胞內積累，不向外彌散，人工培養時由于色素在菌體內積累而使菌落表面帶上不同的顏色，而培養基顏色不變(如金黃色葡萄球菌色素)。細菌色素不能進行光合作用，其功能尚不清楚。不同細菌可產生不同色素，在細菌鑒別上有一定意義。此外，在抗生素的發酵過程中，色素的產生往往會影響發酵液的后處理過程和產品質量，因此在抗生素發酵工業上通常需要盡量避免使用會產生色素的菌株作為生產菌株。

　　5.抗生^(antibiotic)過去也叫抗菌素，是由某些微生物在代謝過程中合成產生并對他種微生物能產生抑制或致死作用的一大類有機化合物，這類物質對產生菌本身有何生理作用雖然還不十分丁解，但能抑制或殺死某些他種生物細胞(主要是微生物和腫瘤細胞)。因此，在產生菌與他種生物間的生存競爭中、在人類以及動椬物的疾病防治中起著非常重要的作用。抗生素大多由放線菌和真菌產生，細菌產生的抗生素很少，只有多黏菌素(polymyxin)、桿菌肱(bacitracin)等少數幾種。

　　6.細菌素(bacteriocin)是某些細菌菌株產生的一類具有抗菌作用的蛋白質，也有的是蛋白質與脂類多糖結合的復合物，與抗生素類似，但作用范圍較抗菌素狹窄，僅對與產生該種細菌素的細菌有近緣關系的細菌才有作用，例如大腸埃希菌某一菌株所產生的大腸菌素(colicin),—般只能作用于大腸埃希菌的其他相近的菌株。細菌素的命名一般按其產生的細菌而命名，如霍亂弧菌產生的稱弧菌索，大腸埃希菌產生的稱大腸菌素。由于細菌素的作用具有特異性，可用于某些細菌的分型。

　　7.維生素(vitamin)這里所指的維生素是指某些微生物在特定條件下合成并遠遠超過產生菌本身正常需要的那部分維生素。細菌能自行合成維生素，除供自身所需外，也能分泌至菌體外，例如人體腸道內的大腸埃希菌能合成維生素B、B、K等，供應人體需用;某些醋酸菌能過量合成各種霉菌不同程度地積累維生素B等。我們已經能夠利用不同類型的微生物通過發酵合成醫藥上供臨床應用的各種維生素。